开局主角被羊驼丢回古代和两位英雄联手平息各个地区的战乱，在巨人洞窟邂逅完整形态的酋雷姆，得知三人建立和平盛世的理想后酋雷姆把黑白龙的力量分给两个古代英雄，并嘱托主角：当现实和理想全都背离初衷的时候再回来。
在最后一场战争结束之后，三人成为了古代王国的统领，但主角不能适应突如其来的地位提升和枯燥的朝政生活，借制止龙卷云和雷电云制造混乱的机会归隐民间。
在主角走后，两个英雄之间原本存在的分歧随着对待朝政的意见不同而越来越严重，最终演变为王国的分裂和一场即将到来的全面战争，面对分崩离析的局势和生灵涂炭的绝望，主角踏上了重返巨人洞窟的旅程。
这一次战争的惨烈甚至超过了古代王国建立之前的状况，合众地区从未有过如此大规模的斗争，就连未来人带来的科学技术也被用于战斗，使得战争造成的破坏更加严重，一路上主角来不及挽救的生命让他怀疑自己当初是否应该留在宫廷平衡两位英雄的矛盾，是否因为自己的逃避而造就了如今的一切。而就在黑白龙在战场上重逢的一瞬间，原本同属一体的两个存在突然调转目标，开始大肆破坏战场上的一切。姗姗来迟的主角只看见火焰与雷霆交织在一起，把触及到的一切事物都烧成了灰烬，原本同仇敌忾的古代英雄们也在自以为完全掌控力量的之下化作尘埃随风飞去了。
即使双方的军队早就失去战意落荒而逃，黑白龙因释放了前所未有的力量而失去理智，决定将合众彻底毁灭。面对否定现实的莱西拉姆和失去理想的捷克罗姆，在酋雷姆的协助下主角将其各个击破，把黑白龙变成了两颗石头并封印到神殿地下。
在一切结束以后，主角带着劫后余生的人们重建合众文明，将古代王国的建立和覆灭，两位英雄从追求和平到自我毁灭的故事刻在了壁画上。