在必须直面那个（内心）自我的我梦的旅途中，与他同行的是同为炼金之星的天才少女凯瑟琳。凯瑟琳会不经意间向我梦伸出手。一个男孩和一个女孩在一起旅行。这不就是约会吗？被这样说了之后，我梦一边困惑着，一边握住了凯丝的手。
“我啊，到现在为止还从没有约会过。我想我以前一定是个很无趣的女孩子吧。”

在普通的男女到了知晓性爱世界也不奇怪的年纪，他们却只是纯真地手牵着手。即使剧本没有再多描绘什么，也足以让人仿佛看到，凯瑟琳作为与我梦相似的、作为异质存在而一路走来的过往。
并且，这也让我们意识到，《奥特曼》这个节目框架，在描绘这种“直到最后才刚开始牵手”的纯真人际关系上，在当今时代，是一个拥有特权的、无比合适的空间。

但是，与自身内心黑暗面对面对决后的我梦说道：我赢了。可是我并不想和人类战斗。我并没有那么强大。说完这些，便独自一人从我（凯瑟琳）身边跑开了。望着他的背影，凯瑟琳流下了眼泪。
就这样，在藤宫将阿古茹的光托付给我梦离去之后，我梦反而比以前面临着更多根本性的矛盾。

怪兽真的是必须打倒的存在吗？人类以专守防卫为名抵御怪兽灾害，却放任自己污染地球环境，这样真的好吗？面对破灭招来体而瑟瑟发抖的人类，但对于那些曾经被人类灭绝的动物们来说，人类本身难道不正是“破灭招来体”吗？
随着藤宫不再独自承担一切，他曾经说过的话语，如今如同现实般向我梦袭来。但这也并非由我梦一人独自承担，而是逐渐成为空中基地的年轻队员们共同面对的问题，这正是《盖亚》的特征所在。

正如开头附近所写的那样，观看《盖亚》时会注意到，比起前两部作品，我梦更多地被描绘成团队中的一员。所谓“人类奥特曼”，意味着即便他是奥特曼，也并非一个突兀的存在，同时也意味着在剧情中，并不需要把他描绘得多么突兀。
XIG的伙伴们既是共同面对危急存亡危机的同志，同时也是共同度过日常生活的年轻伙伴。除了参谋和队长级别以外，没有中年以上的人，在这个悬浮于空中的空中基地里，他们是会在自助餐厅一起吃饭、抱着洗衣篮和女队员撞个正着、在彼此房间里庆祝生日的年轻人。

面对想要帮他收拾杂乱房间的操作员乔姬，我梦说着“这种杂乱是有意义的”，这样的场景也被描绘得十分温馨动人。
他们之间有反目，也有和解。尤其是闪电队的队长梶尾克美，从一开始对我梦的抵触，到逐渐认可他的过程，正可谓是“青春剧”了。

在最后结局五部曲中，第四集《死神的逆袭》虽然是我梦身为奥特曼的身份被XIG的伙伴们知晓的重要一集，但从整体来看，描写的却是航空部队的团队协作，片尾主题曲也是从猎鹰队的米田队长战斗生还之时开始响起的。
最后一个镜头也并非只有我梦一人，而是以闪电队的梶尾、猎鹰队的稻城和我梦三人一同跃起、击掌的画面作为定格镜头结束的。

如果是以往的系列作品，“身份暴露”本身就会是剧情的高潮了，但在《盖亚》中，故事是在“我梦在战斗这件事，也是作为团队互相认知”这一构想下展开的。并且，战斗的胜利也被描绘成团队的胜利。

最终决战
在最终决战展开之际，终于“降临”的根源性破灭招来体的BOSS级存在——根源破灭天使佐格。那是一种莫名与奥特曼相似、拥有天使羽翼的优美姿态。
两位奥特曼败给了以天使之姿出现的强敌，他们变回人类模样的景象，被电视转播到了全世界。破灭招来体使地球上所有的网络都无法使用，却唯独故意留下了电视线路。
奥特曼终究不过是普通人而已。目睹了这一事实的人类陷入了绝望。

就在此时，地球的怪兽们在世界各地挺身而出，向着破灭招来体派来的终结兵器“伊西里斯”的虫群喷吐出火焰。
但是，仅从画面上来看，在世界各地出现的地球怪兽们，它们各自是否抱有与其他个体或其他生物“共同战斗”的意识，我们不得而知。它们只是作为同住在地球上的存在，持续展现着生存的意志罢了。

当地球怪兽们的总进军也力有不逮之时，掌握着逆转胜利关键的存在，是炼金之星。他们利用以地球本身为网络的通信系统，让光量子网络复活。利用曾经让藤宫变为阿古茹的、存在于普羅諾恩·卡拉莫斯之中、能穿透一切物质的中微子来构建网络。在地面上等待战机的XIG队员们组成了联合战线。各国的天才少年们通过无线电，对每一架战斗机XIG FIGHTER发出操作指令，追踪地球怪兽的行动，并将寄宿在怪兽体内的太阳能，通过应用了战斗机的推进系统——反重力引擎的反重力力场反射出去，照射给一度丧失了变身能力的我梦和藤宫。沐浴在聚集的能量中，变身为比以往更强大的奥特曼的两人，直面根源破灭天使佐格。

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