U盘病毒根源杀不掉

小加工厂买的二手设备，设备电脑里有病毒，插上U盘就在U盘里生成和U盘里内容一样的执行文件，并且把U盘内的原来的文件都隐藏，360杀毒只能把U盘内的执行文件和隐藏内容恢复，杀不掉在电脑内的病毒文件，不知道怎么办了，这台设备并没有联网，需要在办公室生成CNC的切割程序，用U盘导入到设备里，这样U盘来回在这两台电脑上使用，我怕吧办公室里的电脑搞坏，办公室那个电脑不能做系统，有好多软件安装太麻烦，求大神出谋划策