全部事情是这样:工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护,秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住,并且从小培养新一 ,并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候,他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一。大家都过的第一集,交易是幌子,真正的目的是跟踪,于是新一也就被他们变成了柯南。
之后,阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人,并且柯南实际上成了阿笠手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那一集,实际是和阿笠谈判的,最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感到受骗,受到伤害。只能同意阿笠的要求,不再回曰本 ,所以优作只有103集的时候回过曰本,还是变装---不能让阿笠发现。
APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发,而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察**还有没有其他的副作用。
但是突然有一天,优作和有纪子突然潜回曰本,和柯南(103-104集)秘密接触,让他感受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边,那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品,本来药的目的是永葆青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小。
而柯南事件发生后,哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的,当时枪击非英里事件只是借口,所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给过提示了,不过因为太晦涩所以没几个人看出来。
阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用曰文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里罪恶的教授。(来源于某论坛)解释得合情合理,如果这些是真的话那也太可怕了,柯南竟然完全没有发觉阿笠博士很可疑,那他隐藏得也太好了!剧情发展显得更加有意思了!只是不知道新一最后能不能变回来啊……真希望他和小兰能在一起。