分析人士普遍认为，在“9·11”事件之前，美国政府曾收到警告，但是政府却没有及时采取对策。也有人认为布什政府对当时的警告故意睁一眼闭一眼，以此获得发动中东地区战争的借口，达到美国霸权的目的。
　　在美国民间，有人自发建立了调查“9·11”真相的组织，他们通过引用相关证据称，当时被恐怖分子劫持的飞机并没有撞到美国五角大楼，并且撞向世贸大楼的飞机携带的燃油也不足以将整栋大厦摧毁。该组织通过当时录制的飞机撞向世贸大楼录像，称大楼被撞击后冒出烟的浓度远远低于飞行器撞击后产生的烟，而大楼在撞击之前就已经开始坍塌。
　　这些人还相信在9月11日当天，美国空军被有关部门故意延迟起飞、停飞或者被送去进行演习，以此来延缓救援时间，这原本可以挽救3000多人的性命。
　　当时在现场的目击证人，包括消防队员、**以及在世贸大楼内的人都称他们在飞机撞击之前听到了大楼内的爆炸声。
　　像调查约翰·肯尼迪被刺一样，美国官方成立了相应调查组——“9·11”事件调查委员会，现在越来越多的人相信“9·11”事件是美国政府“自导自演”的。不过科学的调查结果将最终否定这些假设。