然而清朝统治者的正统观并非是一成不变的，清高宗在这个问题上的立场和态度尤其值得注意。乾隆四十六年（1781年），围绕着杨维桢《正统辨》的评价问题，曾发生过一场意味深长的争论。《四库全书》中所收《辍耕录》，因载有杨维桢《正统辨》，故深为馆臣所忌，文渊阁本书前提要云：“第三卷中载杨维桢《正统辨》二千六百余言，大旨欲以元承南宋之统，而排斥辽金。考隋先代周，继乃平陈，未闻唐宋诸儒谓隋承陈不承周也。持论殊为纰谬。……今删除此条，用昭公义焉。”[90]高宗在看到这篇提要后，专门写了一篇上谕来理论这个问题。他认为四库馆臣的正统论“似是而非”，并谓杨维桢《正统辨》“欲以元继南宋为正统，而不及辽金，持论颇正，不得谓之纰谬”。且看他是如何解释的：
夫正统者，继前统受新命也。东晋以后，宋、齐、梁、陈虽江左偏安，而所承者晋之正统，其时若拓跋魏氏地大势强，北齐、北周继之，亦较南朝为甚，而中华正统不得不属之宋、齐、梁、陈者，其所承之统正也。至隋则平陈以后，混一区宇，始得为大一统。……至于宋南渡后偏处临安，其时辽、金、元相继起于北边，奄有河北，宋虽称侄于金，而其所承者究仍北宋之正统，辽、金不得攘而有之也。
夫正统者，继前统受新命也。东晋以后，宋、齐、梁、陈虽江左偏安，而所承者晋之正统，其时若拓跋魏氏地大势强，北齐、北周继之，亦较南朝为甚，而中华正统不得不属之宋、齐、梁、陈者，其所承之统正也。至隋则平陈以后，混一区宇，始得为大一统。……至于宋南渡后偏处临安，其时辽、金、元相继起于北边，奄有河北，宋虽称侄于金，而其所承者究仍北宋之正统，辽、金不得攘而有之也。
