尽管尿道下裂的手术方法有300多种，但是没有通用于每个患儿的一种术式。文献报道，手术方法的选择既要考虑尿道下裂的不同病理类型，还要取决于手术医生对于某种术式的掌握熟练程度。
如此众多的手术方法如何选择？学者认为对于阴茎头型和部分冠状沟型尿道下裂，由于无阴茎下弯，或有轻度龟头下弯，很容易校正，所以应首选MAGPI术式。该术式的优点是不动尿道，仅仅是行龟头部的成型，因此无尿瘘或尿道狭窄的危险，而且手术简单容易掌握。
阴茎体型或阴茎阴囊型尿道下裂的手术方法选择最为繁杂，对于没有下弯的阴茎体型尿道下裂，应首选保留尿道板的手术，如Snodgrass和Onlay术。对有阴茎下弯者，应根据医生的熟练程度选择术式。
不管何种手术方法，首先要注意新成型尿道的血运，避免微血管的损伤。其次，要注意应用显微外科技术和微创技术，以最小的创伤完成手术。手术器械要选用显微外科器械。成型尿道后还要用皮下组织对新成型的尿道加以覆盖，能有效预防尿瘘形成、提高成功率。用于缝合尿道和皮肤的缝线可采用可吸收线，术后不必拆线，减少了患儿的痛苦。
尿道下裂经常合并有隐睾或阴囊反位，对一期尿道成型术，一般不主张与尿道下裂手术同时进行，以免影响新成型尿道的血运。可在尿道成形术半年或1年后，再行合并畸形的手术。如采用分期尿道成型，可以在行阴茎伸直术时，同时处理合并畸形。