目前游戏更新到2.2版本。
以下为游戏的隐藏要素（公开，一些小要素就无视了）
---创世神-阿尔宙斯 捕捉点---
首先需要收集8颗石板碎片，然后进行合成，合成后就到白银山打赤的地方，会自动召唤出创世神-阿尔宙斯。
将它打残后就能捕捉了。以下为碎片坐标，在大陆的地图上就能收集齐。
常青剧情；海魔窟33；狩猎场28；墓园31；电厂10；风吹沙35；白银山二12；蛇影基地最终战
---合成兽捕捉点---
在大陆地图击败蛇影后（二周目）就能遇到了，可以通过黑市的小次郎来获得合成兽坐标点。
遇到后只需将其击败就能从整队中看到。
---第二颗数码蛋---
二周目后，在鸟语森林里，走着走着就会进入一个小屋，然后里面的人会向你提出看精灵的要求。
只要满足他看精灵的要求就能获得奖励，包括数码蛋，之后数码兽就能合体进化了！
以下为所需的精灵：
1.皮卡丘 2.比雕 3.臭臭花 4.火爆猴 5.百变怪 6.耿鬼 7.可达鸭 8.迷唇姐 9.脱壳忍者
---隐藏地图---
过完黄龙岛全部剧情后就可进入隐藏地图。
隐藏地图有两个，一个在元宝山，一个在沙漠。（在这些地图里使用起始水晶可回到原点）
1.异域空间：元宝山顶点。需要队伍中有骑拉帝纳才可进入，骑拉帝纳在最后的剧情那捕捉，可别打死它。
在该地图里玩家需要收集紫色液体然后开启3个水晶。之后就能通过一个路障，挑战本游戏的最终BOSS-撒旦兽。
3个水晶的坐标点在，1.初始点 2.地图的中上地区 3.地图的右上地区。全部开启后即可互相传送。
而在地图的最左下角还能获得一个看穿一切的沼跃鱼。
2.沙漠遗迹：风吹沙坐标32，需要队伍中有未知图腾（在风吹沙即可遇到）
在该地图内玩家需要击败未知图腾来收集各种图腾装备，当收集全部（26个）后，就去地图的中上地区，
传送进入黑白神兽的地方，可捕捉。之后就能挑战守在一边的赤了。
并且，再次传送进去还能到另一个小地图，在里面可通过三神柱来唤醒 雷吉奇卡斯。
在沙漠遗迹里还会遇到席多蓝恩；以及四处乱窜的变异玛力露丽，玛力露丽很强，将其击败后能获得
玛力露丽的专属装备，附带技能：认真一拳。
在沙漠遗迹的左上角能遇到蛇影的旧部，打败后能获得一个玛狃拉。
-----隐藏进化-------
绿毛虫 + 龙星群 = 裂空座
裂空座 + 黑洞 = 暗·裂空座（额外获得）
尖嘴雀 + 涅槃 = 凤王
大葱鸭 + 魅惑之歌 = 初音
---其他隐藏点---
航海冒险达到90以上后即可进入“初灵岛”，该岛为作者的另一个游戏场景-“姬灵决斗者”，包括里面的对战角色。
在大岙村可进入“角斗场”，在里面双方的精灵都是随机的，是一个公平娱乐的地方。
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注：神兽一般都需要打到30%以下血，并逼它发飙后才能抓。可通过神兽号角来遇到。