经过认定的省部共建协同创新中心，由教育部统一命名为“××××省部共建协同创新中心”。各省级教育行政部门应按4年一个周期对中心进行中期检查与周期评估，并要求中心每年提交年度报告。每年年底前，各省级教育行政部门须将所管理中心的年度报告报教育部备案。
管理部门和牵头高校等要结合各地实际情况和需求，在原有资助强度基础上，加大力度予以支持，特别是在人事管理、人才计划、招生指标、科研任务和分配政策等方面给予政策倾斜和优先支持。教育部将在繁荣计划、科研项目组织、科研基地建设、招生计划等方面对省部共建协同创新中心优先考虑、统筹支持。
省部共建协同创新中心的协同创新成效等情况，将作为有关高校“双一流”建设成效评价的重要参考。