
这个计划历史四年之久才筹备完成,最后大获成功,埃齐奥也得知了另一名圣殿骑士的合谋者——卡洛·格里马尔迪。身为政府官员及十人议会成员的卡洛十分接近威尼斯总督乔瓦尼·莫塞尼戈,想要让莫塞尼戈也加入到圣殿骑士的事业中来。
埃齐奥在偷听到罗德里戈与卡洛的会面内容之后,发现他们正计划毒杀总督并让马可·巴尔巴里戈取而代之。因为事态紧急,埃齐奥与安东尼奥开始寻找进入总督府的办法,确认了总督府的正门、后墙,甚至还翻过了圣马可教堂的屋顶,但是无论哪边都无法突破。
两人回到了总督府前的广场上,又气又急的安东尼奥表示只有鸟才能飞进总督府里。埃齐奥听到这句话,灵光一闪,想起了曾在去弗利的路上看到过的莱昂纳多的飞行器。在一场不甚成功的飞行测试之后,莱昂纳多想到了一个办法,可以保证埃齐奥一路抵达他的目的地。
在除掉城里四个特定地点的卫兵之后,安东尼奥手下的盗贼们在城里的各处点起了篝火,为莱昂纳多的飞行器提供了足够多的升力,埃齐奥也因此得以飞抵总督府。这个计划最后大功告成,埃齐奥最后降落在了总督府的屋顶上,飞行器也因为着陆不稳失控而坠入海里。但是埃齐奥赶到窗前时已经迟了,总督已经喝下了毒酒。
卡洛立刻逃离了现场,高喊称是埃齐奥刺杀了总督,却在片刻之后被埃齐奥亲手刺杀。但是,埃齐奥也因此成为了威尼斯的头号通缉犯,被迫从城市卫兵的追击中逃走。
1486年,埃齐奥回到了莱昂纳多的工作室,向莱昂纳多寻求帮助,在莱昂纳多的指示下来到了泰奥多拉姊妹的妓院,安东尼奥也藏身于此。在狂欢节氛围及装扮的掩护下,埃齐奥顺利地来到了妓院,开始计划刺杀马可·巴尔巴里戈。他参与了四场狂欢节的比赛,赢得了可以让他参与马可私人聚会的金面具。
埃齐奥取得了胜利,但却发现马可的表弟西尔维奥·巴尔巴里戈和马可的私人保镖但丁·莫罗恐吓、贿赂了裁判,否认了埃齐奥的胜利。
但是,埃齐奥顺利从但丁手里偷回了面具,成功地潜入了新任总督的私人聚会,用一件精巧的新武器刺杀了马可。从未与圣殿骑士有过关联却身为安东尼奥盟友的阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈因而合理合规地成为了下一任总督。
随着复仇之旅即将告终,埃齐奥开始追踪西尔维奥·巴尔巴里戈与但丁·莫罗二人。他们占据了威尼斯军械库,并组织了一支佣兵部队。
埃齐奥也需要一支自己的军队,因此在指引下他与佣兵领袖巴尔托洛梅奥·德·阿尔维阿诺见了面,却发现巴尔托洛梅奥的总部遭到了西尔维奥手下暴徒的袭击。巴尔托洛梅奥和手下的若干佣兵也在袭击中被抓住了。
埃齐奥立刻救出了巴尔托洛梅奥和他的佣兵。巴尔托洛梅奥在得知埃齐奥的目的之后,立刻就同意协助埃齐奥一同对抗西尔维奥。
在追踪两名圣殿骑士来到军械库之后,埃齐奥顺利地在巴尔托洛梅奥及佣兵的协助下席卷了军械库,在随后的战斗中杀死了但丁·莫罗与西尔维奥·巴尔巴里戈。
但是,埃齐奥惊讶地发现,除掉总督的阴谋不过是个障眼法。这样一来,圣殿骑士就可以在神不知鬼不觉的情况下将船只派往塞浦路斯。埃齐奥一时之间无从得知圣殿骑士到底为何才这样做。
“十年了,我的父亲和兄弟已经死了十年了。我花了十年时间追杀那些凶手。这场追杀快要结束了,但我却仍未触及这追杀背后的意义!”
―埃齐奥
埃齐奥正要追上去,保拉与泰奥多拉正好赶来,告诉埃齐奥说不必追赶罗德里戈,只要保住伊甸碎片就好。最后,尼可罗·马基雅维利来到所有人面前。埃齐奥这才知道,预言中所说的“先知”其实是他自己,在场所有人在过去十年里所做的一切都是为了让埃齐奥成为刺客兄弟会的一员。那天晚上,所有人在一座塔楼上相会,举行了埃齐奥正式加入刺客兄弟会的仪式。埃齐奥左手的无名指上被烙上了代替切断手指而来的印记。随后,他施展信仰之跃,从塔楼上一跃而下,正式加入了刺客兄弟会。

卡特琳娜麾下的卫兵随后赶来,发现埃齐奥倒在凯科的尸体边上,于是将他带回了弗利。之后,埃齐奥在卡特琳娜的悉心照料基本恢复了健康。苏醒之后,埃齐奥忙不迭地告诉卡特琳娜,有一个身穿黑衣的人捡走了伊甸苹果。卡特琳娜告诉埃齐奥,他所描述的那个人的装束和弗利城外教堂里的僧侣十分相似,他可以去那里打听一些消息。埃齐奥随后来到了那座教堂,但没有得到太多有价值的情报。离开弗利之前,卡特琳娜把亡夫利拉奥所绘制的地图交给了埃齐奥,希望能助埃齐奥一臂之力。
一无所获的埃齐奥遇到了正被博吉亚卫兵追杀的达比·欧卡拉汉。被埃齐奥救下的欧卡拉汉建议埃齐奥去弗利中心的圣文森佐打听消息。结果圣文森佐的一名修士看到埃齐奥之后,认出他就是杀害僧侣斯特凡诺·达·巴尼奥内的那个人,连忙逃走了。埃齐奥拦下了那名修士,告诉他自己并非来取他们性命的恶人。于是,感到放心的修士向埃齐奥吐露了那名九指僧侣的真名——吉罗拉莫·萨沃纳罗拉。他告诉埃齐奥,吉罗拉莫已经宣布退休,回到佛罗伦萨去了。
【虚荣之火】
从西班牙回来后,埃齐奥继续搜寻苹果的下落。1492年他回到了佛罗伦萨,在路上撞到了了一个正在匆匆忙忙逃跑的僧侣。细问之下,他才知道,波吉亚的人正在到处询问‘苹果’的事情。埃齐奥这才得知波吉亚也知道吉罗拉莫 萨沃纳罗拉拥有苹果。他连忙赶到圣玛利亚教堂,从波吉亚士兵手中救出一个也姓‘萨沃纳罗拉’的僧侣。这个萨沃纳罗拉告诉埃齐奥他叫马尔切洛,是吉罗拉莫的亲戚。马尔切洛还说吉罗拉莫在威尼斯,埃齐奥便立即起程,赶往威尼斯。
在威尼斯,埃齐奥找到了修女泰奥多拉,询问关于吉罗拉莫 萨沃纳罗拉的下落。泰奥多拉说她也不知道,但威尼斯最近有个可能和萨沃纳罗拉有关的布道者。泰奥多拉把埃齐奥带到了布道者所在的地方,两人隐入人群中,观察这个布道者。埃齐奥扮成一个虔诚的信徒,试图从这个布道者口中得知萨沃纳罗拉的消息,但却发现他已经被自己的信仰所蒙蔽,无法从他嘴里获得任何有用的信息。
这时一个年轻人突然冲着布道者大喊,说他刚从佛罗伦萨逃出来,那里已经被萨沃纳罗拉占领了。他还说当地的政府要么是已经被萨沃纳罗拉控制了,要么就是在背后主导着一切,就连像波提切利这样的人都加入萨沃纳罗拉,焚烧和文艺复兴有关的一切。这个年轻人叫皮埃罗·德·美第奇,是已故的洛伦佐的儿子。埃齐奥接近他,并说自己是他父亲当年的朋友。这时布道者‘宣判了他们的死刑’,派人上去攻击他们。两人打退了攻击者并杀死了这个布道者。皮埃罗前往阿戈斯蒂诺·巴巴里戈处提醒他提防萨沃纳罗拉,而埃齐奥则离开了威尼斯。
1497年,埃齐奥回到了佛罗伦萨。在路途上他听到了很多关于萨沃纳罗拉暴行的故事,以及民众们对刺客组织回归的渴望。见到马基雅维利后,两人开始计划推翻萨沃纳罗拉。最终两人决定,埃齐奥去杀死他手下的副官,而马基雅维利则去发动群众,让他们反抗萨沃纳罗拉。
在佛罗伦萨埃齐奥还遇到了曼弗雷多·索代里尼,见到他时他已经身受重伤。埃齐奥连忙询问克里斯蒂娜的去向,曼弗雷多则回答她也被萨沃纳罗拉的人围攻了。埃齐奥连忙赶往克里斯蒂娜处,杀死了萨沃纳罗拉的人,但却已经晚了。克里斯蒂娜已经受了重伤,最终在埃齐奥怀中死去。死前她感叹,如果两人能有第二次机会该多好。
埃齐奥杀死了萨沃纳罗拉的九个副官,来到了皮蒂广场,看到被马基雅维利发动起来的群众。萨沃纳罗拉试图使用苹果压制他们,但埃齐奥眼明手快,用飞刀把苹果从他手中打飞。一个波吉亚士兵捡起了苹果,试图离开时也被埃齐奥杀死。
愤怒的群众试图烧死萨沃纳罗拉,而埃齐奥觉得没有人应该如此痛苦地死去,便动手杀死了他。
埃齐奥刺杀萨沃拉罗拉
站在广场上,他对佛罗伦萨的民众发表了一番演讲,鼓励他们独立思考,不要追随他人,听信谣言,迷失自我。之后,他和其他刺客离开了佛罗伦萨,回到蒙特里久尼,研究苹果的秘密。