神经性疾病、头颈部肿瘤外，从口腔到胃的其他疾病也可能引起吞咽困难。这些吞咽障碍是由于执行吞咽动作的口腔、咽腔和食管组织或器官发生了结构性或功能性的改变所致。有些吞咽障碍是由于局部有异物、炎症导致，是暂时性的，一般不需要饮食的调配或特殊治疗；而有些吞咽障碍患者的病因则是长期的，包括口腔疾病、咽腔疾病和食管疾病，以食管疾病最为多见，包括胃食管反流、食管肿瘤和食管受压等。食管受压常见于颈椎向前增生，压迫食管，导致食物流过的通道变窄，使患者有吞咽费力、难以下咽的感觉，在中老年人群多见。
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