【银河队】镇星
镇星在立志湖首次出现，他被跟主角击败后，透露出伙星在心齐湖。之后镇星又在银河队基地试图阻挠主角，被主角击败后，十分沮丧地说，赤日天冠山的打算自己完全不知道。
枪之柱事件后，主角可以在在银河队基地见到他。赤日消失之后，镇星在考虑银河队要前往的方向。他不清楚赤日完全的计划，但知道极端主义绝不是解决的方案。
在动画片《宝可梦 世代》中，镇星在银河队基地看着赤日被吸入毁坏的世界，却被赤日命令不要来找他。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，镇星的祖先应该是100年前野贼三姐妹的老三阿梅。由于镇星的颜值在银河队三干部中是最出色的，他时常被误判为女性。

【银河队】冥王
冥王在资料片《白金》中才出场，也正是因为这个缘故，他在一周目剧情中多次与伙星一起出现，在山谷发电厂和心齐湖都有出场。主角在银河队基地击败赤日后，冥王目睹主角释放了湖之三神。
二周目中，冥王与岁星、伙星一起在严酷山登场，企图唤醒席多蓝恩。不过岁星、伙星当场宣布和银河队切割，冥王只能失落地选择独自进入严酷山深处，最后被赶来的国际刑警帅哥捕获。在整个游戏流程中，冥王也是银河队四干部中唯一没有和主角对战的人。
在银河百代大楼的洛托姆房间中，主角可以找到一本关于洛托姆形态的笔记和一本详写遇到洛托姆的日志，笔记的作者正是冥王。冥王表示，他在某地偶然得知了可以进出特殊马达的宝可梦洛托姆的信息，为此他将深入研究洛托姆，并独占所有的功劳。资料中显示，冥王曾在森之洋馆住过一段时间，或许他就是在那里遇到了洛托姆。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，镇星的祖先应该是100年前祝庆村的杂货店老板晓白。晓白因为娶了洗翠银河队制造组组长桃发的孙女芸梨为妻，而被后者认定为“从他手中抢走孙女的恶人”，致使桃发对杂货店限制供货。在主角的斡旋下，桃发最后漏风的小棉袄下吃了一记百万吨重拳，泪奔而去。

【等离子队】罗德
在《黑·白》一周目中，罗德和魁奇思、斯姆拉在飞云市的等离子队藏匿之处里首次登场。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。罗德的名言是“君子喻于义，小人喻于利”。
在《黑·白》二周目中，罗德出现在１８号道路。他提到魁奇斯曾经环游世界各地，收集各种知识，寻找志趣相同的人。魁奇思在计划中提到要开发理解人类感情与心灵的能力，自己也正是因为这一点才选择加入等离子队，不过现在已经不清楚这到底是不是魁奇思的谎言了。罗德表示，如果有朝一日N能够人类的感情，自己也将率领等离子队再次集结，并直面魁奇思。最后，罗德被国际警察帅哥逮捕。
在《黑２·白２》中，罗德首次出现在帆巴市，为了赎罪，他和巴贝娜、荷莲娜一起在一间屋子里照顾和主人们失散的宝可梦。在对战中输给主角后，他把Ｎ的索罗亚交给主角，并提到N和传说的宝可梦一起踏上了旅途。主角在6号道路与勾帕路翁相遇后，罗德再次出现，并感叹魁奇思的野心与恶意越来越扭曲。
在巨人洞窟中，罗德集结原等离子队阻拦新等离子队，并指出魁奇思的目的是统治合众地区，解放宝可梦不过是他的说辞罢了。在主角击败酋雷姆后，罗德与走出等离子舰的阿克罗玛相遇，阿克罗玛将人与宝可梦牵绊的答案告诉了罗德，罗德在确认N平安无事后，怀着感激之心解散了等离子队。

【等离子队】斯姆拉
在《黑·白》一周目中，斯姆拉和魁奇思、罗德在飞云市的等离子队藏匿之处里首次登场。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。斯姆拉的名言是“大道废，有仁义”。
在《黑·白》二周目中，斯姆拉出现在电气石洞窟。他提到等离子团的宝可梦同样会为了训练家而全力战斗到最后，希望N也能明白这个道理。他请求主角放过那些离开等离子队的手下，但表示自己绝不原谅与宝可梦相处不友好的人。最后，斯姆拉被国际警察帅哥逮捕。

【等离子队】杰洛
在《黑·白》一周目中，杰洛首次登场于龙螺旋之塔，他狂热地表示N将成为英雄，而新世界将为英雄所引导。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。杰洛的名言是“顺天者存，逆天者亡”。
在《黑·白》二周目中，斯姆拉出现在14号道路。他表示“海内存知己，天涯若比邻”，并告诉主角合众的建国传说就是宝可梦与人类齐心协力改变世界的故事。杰洛认为，如果改变世界的人就是英雄，那么谁都可以是英雄，他十分期待主角之后改变世界的行动。最后，杰洛被国际警察帅哥逮捕。

【等离子队】约格斯
在《黑·白》一周目中，约格斯首次登场于古代城，奉魁奇思的命令来测试主角的力量。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。约格斯的名言是“知其一，不知其二”和“尽人事而待天命”。
在《黑·白》二周目中，约格斯再次出现在古代城。他表示自己本来准备捕获古代城的火神蛾，但魁奇思不知所踪，等离子队的事业也如同坍塌的古代城一般，什么也没能留下。约格斯感叹自己一点也不了解N和魁奇思，也不知道他们究竟是不是真的父子。最后，约格斯被国际警察帅哥逮捕。

【等离子队】阿苏拉
在《黑·白》中，阿苏拉首次出现在矢车森林。在主角打败等离子队手下后，他出现并说龙骨对等离子队没有用处。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。阿苏拉的名言是“知彼知己，百战不殆”“过而不改，是谓过矣”和“见一叶落，而知岁之将暮”。
在《黑·白》二周目中，阿苏拉出现在梦的遗址。他表示等离子队试图通过传说宝可梦操控人心，但在见识到主角和道馆馆主们的坚强内心后，他认识到等离子队的梦想不过是幻觉，只有凭自己的努力实现的才是真正的梦想。最后，阿苏拉被国际警察帅哥逮捕。
在《黑2·白2》中，阿苏拉再次出现在梦的遗址，试图阻拦依旧作恶的新等离子队。他发现黑连已经摘掉了眼镜，并再次强调了“过而不改，是谓过矣”这句名言。

【等离子队】维奥
在《黑·白》一周目中，维奥出现在冷冻仓库。被主角打败后，维奥被菊老大逮捕，但魁奇思的出场却迫使菊老大释放了维奥。随后他在Ｎ的城堡与其他五位贤人一起阻挡主角，但被随后赶来的道馆馆主们拖住。维奥的名言是“天无二日，民无二王”和“天之道，损有余而补不足”。
在《黑·白》二周目中，维奥再次出现在冷冻仓库。维奥表示只有魁奇斯给了自己活着的感觉，而人与宝可梦的关系，或许也有可能让宝可梦变成完整的存在。在国际警察帅哥试图逮捕他时，维奥自动离开。
在《黑2·白2》一周目中，维奥加入了魁奇思创建的新等离子队，并参与了酋雷姆冰冻双龙市事件。在主角到达等离子驱逐舰见到酋雷姆时，他会再一次向主角发起挑战。维奥也是等离子队七贤人中除了魁奇思以外唯一一个能和主角对战的人。
在《黑2·白2》二周目中，维奥换上了《黑·白》中的轻薄长袍，出现在涟漪镇并说这里很暖和。维奥对自己的行为很后悔，赠与主角魁奇思整理的可以翻译海底遗迹文字的资料。主角探寻完遗迹的全部从海底返回后，他会送给主角大珍珠，然后离开。

【等离子队】巴贝娜与荷莲娜
巴贝娜与荷莲娜在《黑· 白》的片头首次出现，主角会在Ｎ的城堡遇到她们。巴贝娜自称爱之女神，她认为对战会伤害到宝可梦，N花费了很多痛苦的时间才承认这个道理。荷莲娜自称和平女神，她告诉主角，Ｎ曾经在年幼时被和他人分隔开来，与被人类背叛、虐待和伤害的宝可梦一起成长，而这一切都是魁奇思故意安排的。荷莲娜认为Ｎ的心是纯净并且无辜的，但没有任何事物比无辜更加美丽和可怕。
在《黑2· 白2》中，巴贝娜与荷莲娜登场于帆巴市的等离子队小屋，与七贤人之一的罗德一起照顾和主人们失散的宝可梦。与《黑· 白》设定不同，巴贝娜对宝可梦对战有了很大的改观，认识到了训练家的战斗不是为了伤害宝可梦，而是宝可梦与训练家相互理解的一种最为普遍的手段。荷莲娜则表示自己虽然不能理解N的心情，但N能以自己的意志与传说的宝可梦踏上旅途，这件事依旧值得高兴。

【等离子队】黑暗铁三角
黑暗铁三角是魁奇思最忠实的仆人，由于魁奇思曾经救过黑暗铁三角的命，此后黑暗铁三角只效忠于他。他们的作风类似于忍者，似乎有禁锢别人行动的特殊能力，经常会突然出现，把主角带到Ｎ和魁奇思面前，或阻挠主角一行人行动，而后突然迅速消失。
在《黑·白》结尾，黑暗铁三角协助魁奇思逃避追捕。在原等离子队解散后，黑暗铁三角依旧选择听命于魁奇思，并加入了魁奇思新组建的等离子队。 在《黑2· 白2》中，当主角打败魁奇思和酋雷姆后，黑暗铁三角再次将歇斯底里的魁奇思带走。主角登入名人堂后，黑暗铁三角在雪花市现身，并告诉主角魁奇思已经彻底陷入了疯狂，已经什么都做不了了。
黑暗铁三角曾经在《黑2·白2》故事发生的五年前抢夺过阿修妹妹的扒手猫。阿修相当珍惜这只扒手猫，为此夺回妹妹的宝可梦，选择踏上了与等离子队作对的旅途。当阿修来到等离子舰后，一名黑暗铁三角成员放出了已经进化的酷豹，承认酷豹已经听命于他。被主角打败后，黑暗铁三角抛弃了这只酷豹。
由于《黑·白》结尾的大决战中，三曜道馆馆主天桐、伯特、寇恩三兄弟缺席，因此也有阴谋论认为这三人其实就是黑暗铁三角明面上的身份。

【闪焰队】阿可碧&芭菈&克蕾儿&茉蜜姬
这些姐们儿在《X·Y》里的塑造还不如没有立绘的六贤人，一键四连属实闹麻了……唯一令人印象深刻的就是造型奇葩服装丑，只能说牢弗的审美在反派团体中就是垫底的。
阿可碧出场于卡洛斯发电厂，一手制造了密阿雷市大面积停电。芭菈和克蕾儿一同在精灵球工厂首次登场，逼迫老板加入闪焰队。茉蜜姬在冰结洞窟首次登场，打算捕获这里的暴雪王。然后这四个在弗拉达利研究所被主角打包带走。
性格方面来看，阿可碧在被主角打败后，会反复感叹主角的对战十分有趣。克蕾儿是躺平日子人，打输了会自嘲丢脸，芭菈则在旁边阴阳怪气“克蕾儿又输了真可怜”。茉蜜姬比较中二，在交出电梯钥匙后，她会称呼主角为“勇者”。
不过茉蜜姬在ZA中打赢复活赛了，期待中。

【闪焰队】库瑟洛斯奇
库瑟洛斯奇是闪焰队的核心成员之一，也是闪焰队五位科学家中唯一的男性。库瑟洛斯奇在弗拉达利研究所的最深处登场，在对战中败北后，库瑟洛斯奇会让主角在蓝色按钮和红色按钮中选择一个。虽然弗拉达利下令说如果主角能够击败研究所中的所有人，就放弃自己的计划，但库瑟洛斯奇没有服从这一命令。无论主角选择哪一个按钮，库瑟洛斯奇都会启动位于石香镇的最终兵器。
弗拉达利失败后，库瑟洛斯奇回到弗拉达利研究所，继续自己毕生追求的E战斗服的研究。他招募了玛琪艾儿作为自己研究的对象。由于玛琪艾儿不能命令宝可梦进行对战，库瑟洛斯奇只好将实验方式改为通过遥控机能控制E战斗服行动。在此期间，身穿战斗服的玛琪艾儿被称为“艾丝普莉”。
作为实验的一环，库瑟洛斯奇先让艾丝普莉潜入密阿雷美术馆，对艺术品进行损毁，之后又让艾丝普莉夺走一般市民的宝可梦。在通过帕琦拉取得情报后，主角和国际警察帅哥找到了库瑟洛斯奇的藏身之处，将其逮捕。临行前，库瑟洛斯奇将E战斗服和自己的宝可梦都交给了玛琪艾儿，并且拜托她保护好密阿雷市的和平（不是，又包饺子？）。

【骷髅队】布尔美丽
布尔美丽是骷髅队的干部，是统领着骷髅队，大姐头般的存在。据说由于十分疼爱手下的队员们，所以好像会无法忍耐手下们被打倒。布尔美丽多次为了替手下出气和主角对战，但并未对主角太过敌视。相反由于布尔美丽所说的话，主角也因此得知了一些骷髅队的秘密。
在古兹马消失在究极空间之后，布尔美丽向主角提及古兹马“喜欢”露莎米奈，并且认为露莎米奈很赏识他的才能。二周目骷髅队解散后，布尔美丽开始带领部分队员寻找新的生活方向，并且从默丹和马睿因手里获得了Z手环，最终挑战了宝可梦联盟。

【以太基金会】扎奥博
扎奥博是游戏中唯一一位拥有以太分部长名号的角色。主角可以在以太乐园的秘密实验室中看到扎奥博的博客，他在此发表对工作的评论和对地位提升的渴望。其中关于属性：空的报告显示他从他的前任者接手了开发了究极球的项目，而最后一篇博客则显示了扎奥博隐瞒了属性：空失窃事件。
虽然扎奥博自称以太基金会的最后堡垒，但实际上他的智商表现着实有待进步（低情商：糖丸了），居然在决战前夕当自爆卡车，主动跳出来说自己有前往露莎米奈宅的大门钥匙。可想而知，扎奥博被阿罗拉面瘫战神暴打一顿，只能灰溜溜地交出钥匙，临走时抱怨“因为这样才讨厌小孩子”。
二周目彩虹火箭队事件中，扎奥博被彩虹火箭队收买，妄图利用彩虹火箭队吸收以太乐园来让自己获得晋升。可想而知，在阿罗拉面瘫战神的威压下，扎奥博的野心再次折戟沉沙，这回他被降级成为一般职员，直接变成了碧珂的属下。
扎奥博曾经被形容成“长得像宝可豆的人”。

【以太基金会】碧珂
碧珂是以太基金会以太乐园的副分部长。她的性格非常体贴，因此受到所有员工的仰慕，拥有很大的人心（各方面）。
在主角初次进入以太乐园时，碧珂充当引导人。莉莉艾被绑架后，露莎米奈下令对进入以太乐园的非相关人员实施戒备，但碧珂仍然维持过往的态度，和善地对待主角、哈乌与格拉吉欧。
在《日·月》二周目中，碧珂会在莉莉艾离开阿罗拉地区后，向主角解释莉莉艾前往关都地区的主要原因，并且给予主角在捕捉究极异兽时所需要的各种信息。在《究极之日／究极之月》中，碧珂提到自己曾在关都地区旅行，并因此听说过火箭队。