【马洛科蒙集团】奥利薇
奥利薇最初是马洛科蒙集团的普通研究员，研究超极巨化现象，极巨腕带就是她发明的。后来被洛兹挖掘成为了秘书兼马洛科蒙集团的副社长，集团的大小事务都由她管理，即使洛兹不在也能管理得得心应手。
奥利薇表面上沉着冷静，擅长各种商业判断，但实际情感起伏比较大。她为了实现洛兹的理想，不管对错都会全力协助。对妨碍洛兹的理想的人，奥莉薇会全力排除，在他们面前会不介意露出本（颜）性（艺）。
奥利薇收藏有100张洛兹的联盟卡，在洛兹受到惩罚后仍然对他存在仰慕之情。她手下也有一批只听命于她的特别联盟职员，有些联盟职员还组建了粉丝俱乐部。
在主角完成王冠雪原的冒险后，可以在晚上的远古墓地找到奥利薇，她到王冠雪原调查关于洛兹寻踪的传闻。当她得知疑似洛兹的人其实是皮欧尼时，立即勃然大怒，不过很快平静了下来。

【洗翠银河队】星月
星月是银河队调查组组长。她表面非常冷酷，在了解到主角的资质后，会允许主人公参加银河队的入队考试。此后，她会委托主角做各种各样的调查，并提升主角的星级。
在主角被逐出祝庆村时，星月亲自护送主角到原野基地，并留下一定要活着回去的指示。后来，星月又派自己的凯西前去为主角替换放牧场的宝可梦，不过又嘴硬“凯西擅自那么做，对我而言只是不便”。二周目时，决定从事研究工作的马加木将银河队的起源告知主角，并把首领的位置让给了星月。
据设定，星月的食量非常惊人，一次最多能吃下十份芋饼。贝里菈曾透露星月来自丰缘，是当地屈指可数的刚剑高手。不过，星月十分害怕虫属性宝可梦（动画小霞：？！），曾经被闯进办公室的刺尾虫吓得瘫倒。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，星月的后代应该是100年后新银河队的首领赤日。

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【洗翠银河队】贝里菈
贝里菈是银河队警卫组组长。主角可以在祝庆村的训练场找到贝里菈，委托她给自己的宝可梦教授招式、精通招式，还可以和她交换提升宝可梦奋斗等级的道具。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，贝里菈的后代应该是100年后神奥四天王大叶和他的弟弟麦可。此外，贝里菈的宝可梦队伍和《珍珠· 钻石》里大叶的队伍一模一样。

【洗翠银河队】杵儿
杵儿是银河队医疗组组长。她曾委托主角捕获不良蛙，并收集疗草。她私底下非常喜欢不良蛙的笑脸。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，杵儿的后代应该是100年后曾与神奥地区主角结伴同行的宝可梦训练家麦儿。麦儿是个活泼调皮的小女孩，而杵儿是温婉的大姐姐，这与另一对祖孙山葵和芽米形成了对照组。

【洗翠银河队】桃发
桃发是银河队制造组组长。他因为一手养大的孙女芸梨嫁给晓白，认定晓白是“从他手中抢走孙女的恶人”，从而限制对祝庆村的杂货店供货。随着剧情的进展，晓白会委托主角完成副任务，带道具作为礼物去说服制造组组长桃发，以此解锁新的商品。最后，桃发在漏风小棉袄的百万吨拳击下，泪奔而走。
另外，虽然没有官方背书，但根据孙女婿晓白的立绘来看，桃发的后代应该是100年后新银河队的干部冥王。

【洗翠银河队】菜华
菜华是银河队农耕组组长。主角可以给予农耕组符合要求的宝可梦，从而扩大耕地。于是，帝牙卢卡拉犁、帕路奇亚浇水、骑拉帝纳松土的现象在洗翠地区蔚然成风。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，菜华的后代应该是100年后百代道馆的馆主菜种。

【洗翠银河队】茶花
茶花是银河队建筑组组长。她曾经委托主角调查在夜间家中出现的宝可梦，最后发现是报恩的皮丘。主角还可以从茶花的父亲园敖那里学习祝庆玛芬的烹饪方法，借此帮助园敖搞好和伊布的关系。最后，茶花家里的伊布进化成了月精灵。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，菜华的后代应该是100年后城都地区的四天王梨花。

【洗翠银河队】石月
石月是祝庆村芋满亭的老板。主角在初到祝庆村时应拉苯博士要求前往芋满亭遇见石月，但是石月以芋满亭只为银河队服务为名拒绝主角入内。主角接受试炼并加入银河队后，石月才开始为主角提供芋饼。每当主角成功镇抚王或女王后，调查组一行人都会在芋满亭就餐。
石月暗中隐藏的实际身份为忍者，被马加木视为心腹。他和马加木的故乡都被疯狂大闹的宝可梦烧毁，很多同胞因此丧命。石月追随马加木前往洗翠地区，建立安心生活的新天地。因此石月理解马加木为保护村庄不计任何强硬手段的态度。
异变发生后，石月在天冠山顶和主角展开宝可梦对战，同时揭露了忍者的真实身份。战败后石月对主角的实力致以敬意，同时意识到马加木已经失去理智，希望主角解决危机。
异变结束后，石月表示他在洗翠地区的使命已经完成，接下来准备前往一个温暖的地区。这或许暗示了石月的后代是是丰缘地区主角的劲敌满充。

【野贼三姐妹】阿松&阿竹&阿梅
阿松、阿竹、阿梅三人曾分别是银河队、金刚队和珍珠队的一员，但因对各自的组织有不满而退出，成为了盗贼，并试图对三者的行动进行捣乱。
主角在首次抵达随意遗迹时，会听望罗说遗迹的石板被野贼三姐妹盗掘了一部分，她们也会时不时也袭击银杏商会。主角需要帮忙找回石板以获得夕蒲的信任。在金色平野找到她们的营地后，野贼三姐妹会现身，其中的阿梅会向主角发起挑战。
在群青海岸，在主角获得幽尾玄鱼水上移动后，野贼三姐妹为了驯服强大的宝可梦掳走了瓜娜的大个子卡蒂狗。在吹火岛熔岩战场上，三姐妹尝试让卡蒂狗进化成为新王，然而无用，主角赶来战胜了三姐妹。随后瓜娜的小个子卡蒂狗意外进化为了风速狗，野贼三姐妹为了保命逃走了。
当主角为了寻找起源矿石来到太古洞穴时，野贼三姐妹再次出现，打算夺走起源矿石。主角与刚石和珠贝与三姐妹发起对战。战胜后，三人逃去，并留下一定要解决好异变的话。刚石认为三姐妹跟来或许是因担心会发生什么万一。
另外，虽然没有官方背书，但根据立绘来看，阿松的后代应该是100年后关东地区的四天王菊子和神奥地区的四天王菊野，阿竹的后代应该是雪峰道馆馆主小菘，阿梅的后代应该是新银河队的干部镇星。

【天星队】皮拿
皮拿曾经担任学生会长，但因制定的规则过于保守而遭到同学们的排斥，最终被迫离任而由妮莫接任，之后也一直遭到孤立，因而参与创建了天星队。
在天星队担任老大时，尽管皮拿对自己的能力表示怀疑，天星队其他老大仍然指派他负责制定天星队的队规并沿用至今。皮拿梦想成为DJ，他创作了天星队队歌，也被称为DJ恶事。
在二周目的牡丹个人剧情中，皮拿和奥尔迪加开始尝试融入校园生活，在学校的入口大厅大声向同学发出问候。在完成零之秘宝剧情后，主角可以在入口大厅遇到已经恢复素颜的皮拿和枇琶，他们会邀请主角帮天星队的其他三位分队老大补习。

【天星队】梅洛可
梅洛可是天星队首屈一指的万事通，不论什么样的问题都能强硬解决。一旦打定主意，梅洛可就会贯彻到底，这种率直的个性使她深受伙伴信赖。利用一大群炭小侍的进化来驱动天星队车就是她的主意。
当主角挑战王良四小队基地期间，一只在学院常与梅洛可玩耍的炭小侍闯入基地，展现了梅洛可关心宝可梦的一面。在二周目牡丹的个人剧情中，回归校园生活的梅洛可加入了美术社。
在完成零之秘宝剧情后，主角受皮拿和枇琶邀请帮天星队的其他三位分队老大补习，在操场的蔬菜棚边找到恢复素颜的梅洛可。卸妆后的梅洛可是一位可爱乖巧的女孩，这也解释了她遭受学院女生嫉妒而被霸凌的原因。不过，由于建模问题，梅洛可在走路时依旧是穿靴子的踢踏步，特别好玩。

【天星队】秋明
秋明因为喜欢老套的事物而被霸凌，因而参与创立了天星队。这从他的说话方式和着装可见一斑。但秋明其实很有服装品味，参与了天星队的服装设计。他与学生博信是亲密的伙伴，以“同志”互相称呼。
在二周目牡丹的个人剧情中，秋明来学校小卖部购买忍者角色扮演套装，套装却提前被博信买走，引发了一场误会。
完成零之秘宝剧情后，主角受皮拿和枇琶邀请帮天星队的其他三位分队老大补习，秋明一下子就感觉到了枇琶背后的主角的气息。补习完成后，秋明会出现在渍沁镇的渍沁市场，以拍卖的形式贩售自己设计的原创服饰。

【天星队】奥尔迪加
奥尔迪加是学院校服设计兼供应商的儿子，因经常把身份与金钱挂在嘴边而遭到孤立。在组建天星队后，因队规和其他老大的提点变得收敛了，虽然仍会偶尔脱口而出。
奥尔迪加在天星队中活用家族的设计才能，负责各帮班的天星队车设计，但因本在设计中以炭小侍充当动力源的效果与预期不符而陷入瓶颈，此问题最终被梅洛可解决了。
在二周目的牡丹个人剧情中，奥尔迪加和皮拿开始尝试融入校园生活，在学校的入口大厅大声向同学发出问候。完成零之秘宝剧情后，主角受皮拿和枇琶邀请帮天星队的其他三位分队老大补习。起初奥尔迪加对这事以及主角抱有抵触情绪，但在枇琶的威严下很快便低头向主角道歉。

【天星队】枇琶
枇琶在天星队中是导师般的存在。第一轮游戏开始一年前，即天星队创始时，她帮助天星队的其他老大训练宝可梦，出现争端时也会出面调解。表面上好斗而粗鲁，内心深处却并无恶意。
枇琶加入天星队的缘由在于，曾经的大人气学生田中因为自己的人气被枇琶掩盖，嫉妒她的美貌和强大实力，伙同其他学生对她进行霸凌。然而，当霸凌的矛头指向田中时，枇琶不计前嫌地收留了她，还邀请她加入天星队。田中因此深受感动，加入了枇琶的格斗帮班并全力支持她。
当主角首次挑战王良一小队基地时，枇琶亲自守卫基地大门并与聂凯激战。此时田中赶到现场，这才说服了枇琶退守基地内。在二周目的牡丹个人剧情中，回归了校园生活的枇琶与田中一起创立了新社团摔角部。
在完成零之秘宝剧情后，主角可以在入口大厅遇到已经恢复素颜的皮拿和枇琶，他们会邀请主角帮天星队的其他三位分队老大补习。枇琶镇压了奥尔迪加的抵触情绪，并在补习结束后，赠送主角道具、两套改造版制服、天星队套装和手机壳。