天启四年正月王三善阵亡,鲁钦率残兵回营,戴罪立功。同年,奉总督蔡复一之命与总兵刘圌超合兵营救遭到安邦彦围困的杨世蔚。一路摧城拔寨大败叛军,已经被蔡复一上奏朝廷免罪记功了,但天启五年鲁钦所部渡河返还时遭遇安邦彦伏击,折损了几千人。这事儿,当然可以说,鲁钦的屁圌股没有擦干净,但积数年养成之西南一隅巨寇要靠他们几股部队就彻底殄灭也似乎强人所难,因此这也可以说是大胜之下的一个蹉跌。鲁钦戴罪立功。陆广河之败后,傅宗龙合兵蔡复一攻灭乌粟、螺蛳、长田等地叛军,大破平越贼寇,毁其砦一百七十余座。此后动荡已久的西南局势略微稳定。傅宗龙上疏:“四川以屯为守,贵州应该以守为屯。因为安邦彦叛军的控制区域大多在陆水以外,仡佬、龙仲、蔡苗等部‘杂圌种’缓急之间能够相互呼应。这样敌人有外援而我军没有丝毫屏障,所以贵州兵力分散而日益捉襟见肘。臣所谓以守为屯的做法是,先发兵占据沿河流域,夺掉敌人的屏障,而后剿抚并用收拢各部叛军。同时依渡口大小而分别设置大小营寨,深沟高垒建造烽火台,形成我军的呼应之势。小渡口则以木石筑塞守御,不让一粒粮食进入敌占区,也不让一个贼寇走出其势力范围,‘贼无如我何’。再命令沿河驻军演习水战,敌人耕种时频出奇兵渡河骚扰。这样,贼人不敢沿河而居,而后屯田的事情就可以按部就班地展开了。屯田的办法有两个:一是清卫所原田,二是‘割逆贼故壤,而以卫所之法行之。’贵州有的是土地,就是缺人。外地来的‘客兵’聚散无常不能常驻,不如仿效洪武皇帝祖制,以卫所屯田奖励有功将士,因功大小、官职高下,从指挥到千、把总,都分给田地以为祖业,同时禁止屯田卫所土地买卖。这样的话,不用招揽移民而人口便可以自然充实。臣所说的以守为屯就是这个意思,这么做需要四万八千人,每年需要饷银八十多万,历时三年,而后叛军就可以尽数殄灭了。”部议从之。天启六年,安邦彦大举渡河入寇,傅宗龙在赵官屯击破其前锋,阵斩敌将老虫添,一时威名大震。后丁忧还乡。崇祯三年,傅宗龙起复。同年,受孙承宗举荐升为右佥都御史,巡抚顺天,少顷,拜兵部右侍郎兼佥都御史,总督蓟、辽、保定军务。但随即就“用小故夺官”了。崇祯十年十月,流贼大举入寇四川,攻陷三十余州县。崇祯皇帝想起了傅宗龙,说:“假如当初用傅宗龙巡抚四川,贼寇之势又怎能至此呢!”起复傅宗龙,命他前往四川“却贼”。从这句话可以看出,无论后面如何,但至少说明天启朝旧臣傅宗龙之前在贵州的成绩以及他的个人能力得到了崇祯皇帝这位新老板的充分认可
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崇祯十二年五月,由于杨嗣昌的举荐,傅宗龙离开四川回京任兵部尚书。傅宗龙自从勘定贵州苗乱后,历时十四年才再次大用,刚刚到任一年半,地方还没遛全呢就又调回去了。崇祯十二年八月,傅宗龙抵京。觐见崇祯皇帝之初,他便直说“民穷财尽”,皇帝也颇以为然,但傅宗龙仍旧自顾恳言不已、为民请圌命,说了一大通民情疾苦、水深火热之类的话,皇帝不高兴了,说:“你应当整理兵事才是啊。”挥退傅宗龙后,崇祯皇帝对他的举荐人杨嗣昌说:“这人怎么这样儿呢?都说傅宗龙在贵州干得不错,但听其言谈大多卑卑,都是些别人说烂了的东西(“皆他人唾余”)怎么回事儿啊!”从此傅宗龙所奏请多不允。其实也难怪,面对刚从四川回京的傅宗龙,急于事功的崇祯皇帝应该很想听听类似于当初袁崇焕那“五年平辽”或者杨嗣昌那“十面张网”之类的豪言壮语式的就职演说,但这位新任兵部尚书见面伊始便大谈民圌不圌聊圌生城邑残破,而且说起来还没完。这些话尽管切中时弊一语中的,但也是空洞无物的老生常谈,所以在崇祯皇帝听来既是陈词滥调,也是和他傅宗龙的本职工作毫不相干的。满怀希望竖起耳朵的皇帝听了这么一肚子“牢骚话”,自然倍感失望,所以才用一句冷冰冰的官话结束了这场跑题的君臣奏对。这个印象分减大了。张献忠降而复叛,熊文灿罢圌免后,傅宗龙举荐时任湖广巡抚的方孔炤代替熊文灿,还建议减少新任总圌理讨贼军务大臣的辖区,各省督抚各统本部兵马分剿流寇,皆不准。仍然命令杨嗣昌接任总圌理大臣之职。杨嗣昌出京督师后,上奏章请拨军粮,四面漏风八方起火的朝廷没有足额及时供应,便上疏弹劾中枢失职。傅宗龙是兵部尚书,“中枢”这个矛头自然主要是指向他的。傅宗龙也弹劾杨嗣昌徒耗粮饷消耗国家而不能有所报效,又“以气凌廷臣”。当时正赶上蓟辽总督洪承畴举荐刘肇基为团练总兵官(这个“团练”的设置,前面提过,是杨嗣昌的建议,即所谓“练饷”的由来),太监监军高起潜污蔑刘肇基畏敌怯阵。团练总兵也是“总兵”,名义上也归兵部管,因而对这一荐一劾,作为兵部尚书的傅宗龙显然需要进行一番调查核实,即便按照最简单的程序至少也是要征询一下和刘肇基共过事的其他人的看法,所以没有立即处理,稍微迟缓了些。但是崇祯皇帝急了,以“抗旨”的罪名责备他,命令傅宗龙作出书面答复。傅宗龙的奏辩折子上去后,又以“戏视封疆”的罪名将傅宗龙发交部议。明显的来者不善。我们能够看到,从上面的那次君臣召对后崇祯皇帝对于傅宗龙明显心怀不满,或许认为此人大言无实不务正业也未可知。当时出于自己的面子考虑没有立即把这位刚刚任命的兵部尚书拿下来,可也一直没有释怀,这次等到机会了,尽管很牵强。