该部分表关和里关的差异在于:
(1)工厂流程:表关到达工厂地面后,可直接去旋转台车厢内拿钥匙出来启动旋转台,在下降途中对战G2,战后直接下降到研究所B4层;
里关到达工厂后由于旋转台已被表关主角乘坐过,位于下方,要先坐小电梯到监控室拿取钥匙,返回控制室将旋转台升起,再乘坐旋转台下降,下降途中对战G3,战后因为过热停在B1层,主角爬通风管进入电梯走廊,而此时旋转台再次启动将车内另一人带去B4层。
(2)研究所流程:表关在B4层制作主保险丝恢复供电,然后去B5层的P-4实验室拿取钥匙卡,再返回B4层拿MO碟片(克莱尔还要顺便制作疫苗),打开B5层的货运平台,对战G4,之后坐货梯来到月台通关;
里关要先在B1层前往泵房,到B3层熔炼室启动电梯,返回坐电梯到B4层,之后制作主保险丝恢复供电,在B4层拿取钥匙卡,去B5层的P-4实验室拿取动力室钥匙,再坐电梯回B1层,去动力室触发暴君坠落以及实验室自毁,之后获得主控钥匙,带雪莉坐电梯前往月台,恢复列车电力并对战超级暴君,启动列车离开,最后在列车上对战G5并通关。
(3)探索区域:表关仅能到达研究所B4和B5层,无法进入B4层培养实验室,最后对战G4的货运平台区域为表关独有;里关在工厂能到达下层监控室,在研究所能到达B1~B3层,若表里关都注册了访客账号并录入指纹则里关可进入培养实验室,最后阶段能完整探索月台层和列车。
(4)敌人:表关在货运平台对战G4(初始为G3形态,中途变异);里关在工厂监控室会遭遇暴君,里昂去动力室前还会在电梯走廊遇到一次,最后在月台层恢复电力后对战超级暴君;在研究所可选择开启反BOW气体,若当前流程开启了气体则舔食者和植物怪的生命值会降低,若表关开启过气体则里关无法开启并且植物怪会变成带毒版本,若表关未开启则里关可开启气体且无任何负面作用。
该部分克莱尔线和里昂线的差异在于:
研究所部分克莱尔线和里昂线主要为剧情上的差异,游戏流程无明显不同。
表关里昂只需拿到MO碟片开启货运平台入口,克莱尔还需要制作疫苗因此要多拿几个道具。
里关里昂一开始不可进入警卫室(雪莉在里面),要到动力室拿到主控钥匙、出门与克莱尔联系后才可前往用主控钥匙打开警卫室带走雪莉;克莱尔可正常进出警卫室,动力室剧情后回到B4主竖井找到雪莉并获得主控钥匙前往月台。